磁力搅拌器控温方式普遍有两种，
一种是用电接点水银温度计控温，另一种是采用传感器(电热偶)控温，在使用过程中电接点水银和传感器一端都是要放入到测量的液体中，另一端与机器连接，在控温过程中，当液体温度低于设定温度，加热盘开始加热，当液体温度达到所设定的温度，这时由电接点水银温度计或传感器传输信号到磁力搅拌器主机，此时加热盘停止加热，当温度再次低于设定温度时，加热盘继续加热，这就是磁力搅拌器控温的原理。
要注意两点：
*，加热盘有热惯性，控温时有可能高于设定温度，如果实验要求比较高，此时要注意控制加热盘的温度(即加热电压)。
第二，采用电接点水银温度计控温时是在电接点水银温度计上面设定温度，采用传感器控温方法是在机器主机上设定温度。由此看出，传感器控温更加方便。但是传感器采用金属材料，所以耐腐蚀程度没有电接点水银温度计玻璃的好。
